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蛋白质（protein）是有机大分子，是构成细胞的基本有机物和生命活动的主要承担者。蛋白质在催化生命体内各种反应进行、新陈代谢、抵御外来物质入侵及控制遗传信息等方面都起着重要的作用。蛋白质的一级结构是氨基酸序列，通过鉴定氨基酸序列来匹配它的蛋白质，这是定性研究，是蛋白质组学的基础，也是蛋白质组学的重要技术之一。
质谱一般由离子源（Ion source）、质量分析器（Mass analyzer）和离子检测器（Detector）三部分组成。传统的质谱仅用于小分子挥发物质的分析，但随着新的离子化技术的出现，如基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)和电喷雾电离质谱(ESI-MS)等，质谱技术的出现为蛋白质分析提供了一种新的途径。现在蛋白质组学基本研究手段是：以生物质谱技术为核心，对蛋白质进行大规模、高通量分离、鉴定和分析。
蛋白质质谱鉴定的基本原理是用蛋白酶将蛋白质消化成肽段混合物，经MAILDI或ESI等软电离手段将其离子化，然后通过质量分析器将具有特定质核比的肽段离子分离开来。通过实际谱图和理论上蛋白质经过蛋白酶消化后产生的一级质谱峰图和二级质谱峰图进行的比对，进行蛋白鉴定。
